โรคที่เป็นแต่กำเนิด เป็นเสมือนโรคประจำตัวของดิน เป็นโรคที่มีมาตั้งแต่ก่อนที่มนุษย์จะเริ่มเข้าใช้ประโยชน์ที่ดิน เป็นโรคที่เป็นธรรมชาติของดินเอง ส่วนใหญ่แล้วเป็นโรคที่ไม่สามารถรักษาให้หายขาดได้ ทำได้เพียงบรรเทาอาการของโรคเท่านั้น โรคที่เป็นแต่กำเนิดสามารถแยกได้เป็นสองสาเหตุคือโรคทางพันธุกรรมของดิน และโรคสืบเนื่องมาจากสิ่งแวดล้อมในการสร้างตัวของดิน หรือทั้งสองสาเหตุร่วมกัน

โรคทางพันธุกรรม นั้น หมายถึง โรคที่สืบเนื่องมาจากพ่อแม่ที่ให้กำเนิดดินซึ่งไม่ว่าจะเป็นตะกอนหรือหินก็ตาม มีลักษณะที่ไม่สมบูรณ์หรือมีลักษณะที่ไม่ดีในการให้กำเนิดดิน เช่นพ่อแม่ที่เป็นหินทราย ก็จะสร้างดินที่เป็นโรคทรายจัด เพราะองค์ประกอบของพ่อแม่ดินนั้นเต็มไปด้วยทรายจึงไม่มีโอกาสที่จะให้แร่ดินเหนียวกับดินได้ หรือพ่อแม่ที่เป็นตะกอนของหินกรวด ก็จะได้ดินที่เป็นโรคดินปนกรวดมาแต่กำเนิด ซึ่งอาจจะมีอาการหนักหรือเบาขึ้นอยู่กับพื้นที่ที่ดินนั้นอยู่ กล่าวคือหากเป็นดินที่อยู่ในที่ต่ำกว่าก็จะมีโอกาสที่ตะกอนอื่นจะมาทับถมเพิ่มทำให้หน้าดินหนาขึ้น และอาการของโรคดินปนกรวดก็จะไม่รุนแรงจนเป็นผลเสียต่อการเกษตร เป็นต้น

โรคสืบเนื่องจากสิ่งแวดล้อม นั้น หมายถึงโรคของดินที่เป็นขึ้นภายหลังจากดินเริ่มสร้างตัว แล้วอยู่ในสิ่งแวดล้อมที่ไม่เหมาะสมสำหรับการพัฒนาเป็นดินที่ดี สิ่งแวดล้อมในที่นี้นั้นหมายถึงสิ่งแวดล้อมตามธรรมชาติ ซึ่งได้แก่ ภูมิประเทศ ภูมิอากาศ พืชพรรณธรรมชาติ และระยะเวลาในการพัฒนาการ โรคของดินจากสาเหตุนี้เป็นโรคที่ไม่สามารถระบุได้แน่ชัดถึงปัจจัยที่ก่อให้เกิดโรค เพราะการสร้างตัวของดินอาจจะใช้เวลาสั้นๆ ถึงยาวนานเป็นพันเป็นหมื่นปีได้ และสิ่งแวดล้อมในขณะเวลานั้นๆ ก็ไม่อาจจะระบุได้แน่ชัด สิ่งที่ระบุชัดเจนที่สุดคือ ผลของการสร้างตัว และพัฒนาการ ว่าดินนั้นจะเป็นดินที่ดี หรือเป็นดินที่เป็นโรค
โรคที่เป็นมาแต่กำเนิดนั้น อาจจะเกิดขึ้นจากสาเหตุใดสาเหตุหนึ่ง หรือจากสองสาเหตุร่วมกันก็ได้ จึงไม่อาจจะระบุให้ชัดเจนได้ว่าโรคใดเกิดจากสาเหตุใดแน่ ฉะนั้นเมื่อกล่าวถึงโรคที่เป็นมาแต่กำเนิดก็จะหมายรวมทั้งสองสาเหตุของโรคเข้าไว้ด้วยกัน