การดูแลรักษาดินที่ดีอยู่แล้วให้มีสุขภาพที่ดีอย่างยั่งยืนนั้น จะต้องได้รับการดูแลรักษาทั้งทางด้านร่างกายหรือลักษณะทางกายภาพของดิน และทางด้านระบบสารอาหารหรือลักษณะทางด้านเคมีของดิน เพราะดินที่มีสุขภาพดีนั้นร่างกายจะต้องเหมาะสมสำหรับการหยั่งตัวของรากพืช สามารถอุ้มน้ำให้พืชใช้ได้ และสามารถระบายน้ำส่วนเกินออกจากดินเพื่อให้มีอากาศให้พืชหายใจได้ (ยกเว้นข้าว) ขณะเดียวกันดินที่สุขภาพดีนั้นต้องมีสารอาหารต่างๆ ในปริมาณและสัดส่วนที่พอเหมาะสำหรับการเจริญเติบโตของพืช

การดูแลรักษาดินทางด้านร่างกาย ทำได้โดยการใช้ปุ๋ยอินทรีย์ ไม่ว่าจะเป็นปุ๋ยหมัก ปุ๋ยคอก ปุ๋ยพืชสด หรือแม้แต่การไถกลบตอซัง ก็มีส่วนช่วยให้ดินมีสุขภาพทางด้านร่างกายที่สมบูรณ์ทั้งนั้น ดินที่มีสุขภาพร่างกายที่สมบูรณ์นั้นสังเกตได้ง่าย คือ หน้าดินจะมีสีคล้ำขึ้น (ในกรณีที่ดินเดิมไม่ได้เป็นสีเทาหรือสีดำอยู่แล้ว) มีความร่วนซุย เกาะกันเป็นเม็ดดิน ดินที่สุขภาพทางร่างกายดีจะทำให้พืชหยั่งรากได้ดี แผ่กระจายรากได้มาก ทำให้รากพืชดูดน้ำและธาตุอาหารได้มาก พืชก็จะเจริญเติบโตงอกงามได้ดี ขณะเดียวกันดินที่มีสุขภาพทางร่างกายดีก็จะอุ้มน้ำไว้ได้มาก เมื่อกระทบแล้งโอกาสที่พืชจะขาดน้ำก็น้อยลง การไถพรวนก็กระทำได้ง่ายเพราะดินร่วนซุย และดินก็จะระบายน้ำได้ดีเพราะมีช่องว่างขนาดใหญ่เพียงพอที่จะระบายน้ำส่วนเกิน ไม่ทำให้น้ำขัง ทำให้รากพืชมีอากาศหายใจและไม่ชะงักการเจริญเติบโต

การดูแลรักษาดินทางด้านระบบสารอาหาร ทำได้โดยการปรับปรุงดินให้มีความอุดมสมบูรณ์ มีปริมาณธาตุอาหารต่างๆ ที่เป็นประโยชน์แก่พืชในสัดส่วนที่พอเหมาะ ธาตุอาหารบางอย่างนั้นมีอยู่แล้วอย่างเพียงพอในดิน ธาตุอาหารบางอย่างก็สามารถรับเพิ่มเติมจากอินทรียวัตถุที่ใส่เพื่อดูแลรักษาสุขภาพทางร่างกายแล้ว แต่ธาตุอาหารบางชนิดที่พืชต้องการมากและบ่อยครั้งที่ดินมีไม่เพียงพอก็จำเป็นต้องเพิ่มเติมให้ด้วยปุ๋ยเคมี ซึ่งมักได้แก่ธาตุไนโตรเจน ฟอสฟอรัส และโพแทสเซียม ดินบางแห่งมีธาตุฟอสฟอรัส และโพแทสเซียมอยู่มากแล้วในดิน ก็จำเป็นเพียงแค่เพิ่มเติมธาตุไนโตรเจนเท่านั้น บางแห่งก็ขาดธาตุทั้งสามตัวอย่างมาก บางแห่งก็มีธาตุทั้งสามตัวอยู่มากจนสามารถทำเกษตรอินทรีย์คือไม่ใช้ปุ๋ยเคมีเลยก็ยังได้ การจะทราบได้ว่าดินใดมีธาตุใดอยู่มากอยู่น้อยเพียงใด เพียงพอต่อความต้องการของพืชหรือไม่นั้น สามารถทำได้โดยการตรวจสุขภาพดิน ในบางกรณีการดูแลรักษาดินทางด้านระบบสารอาหารนั้น ก็ต้องกระทำเพื่อให้ดินปลดปล่อยธาตุอาหารออกมาให้พืชใช้ได้ เพราะในบางสภาพแวดล้อมแม้จะมีธาตุอาหารอยู่แล้วในดิน แต่จะอยู่ในรูปที่พืชใช้ประโยชน์ไม่ได้ ก็จำเป็นต้องมีการปรับปรุงบำรุงรักษาดินเพื่อให้ธาตุอาหารเหล่านั้นเป็นประโยชน์ขึ้นมา

อย่างไรก็ดี มีความเข้าใจผิดอยู่บางส่วนเกี่ยวกับปุ๋ยเคมีและปุ๋ยอินทรีย์ คือหลายส่วนเข้าใจว่าปุ๋ยเคมีเป็นสิ่งที่ไม่ดี ทำให้ดินแข็ง และสิ้นเปลือง แต่ในความเป็นจริงแล้วปุ๋ยเคมีก็เป็นสารที่ได้จากธรรมชาติเช่นเดียวกับปุ๋ยอินทรีย์ ปุ๋ยไนโตรเจนนั้นถูกดักจับเอาจากอากาศแล้วแปรรูปให้อยู่ในรูปที่เป็นเม็ด ปุ๋ยฟอสฟอรัสได้จากหินฟอสเฟตถูกนำไปสกัดเอาแต่ส่วนที่ใช้ประโยชน์ได้เต็มที่ออกมา ขณะที่ปุ๋ยโพแทสเซียมก็ได้มากจากหินแร่โพแทสเซียมที่ถูกนำมาบดย่อย ปุ๋ยเคมีจึงไม่ได้เป็นสารพิษแต่อย่างใด หากแต่การพึงพาการใช้ปุ๋ยเคมีเพียงอย่างเดียวในการผลิตพืชในช่วงที่ผ่านมา โดยไม่ได้มีการเพิ่มเติมปุ๋ยอินทรีย์ให้กับดิน จึงทำให้ปริมาณอินทรียวัตถุในดินลดน้อยลง และหน้าดินก็จะแห้งแข็งไม่ร่วนซุยเหมือนเดิม แล้วเข้าใจเอาว่าเป็นผลจากการใช้ปุ๋ยเคมี หากพิจารณากันให้ถ่องแท้แล้วและเป็นจริงตามหลักวิชาการแล้ว สารกำจัดแมลงและสารกำจัดวัชพืชส่วนมากนั้นเอง ก็เป็นสารอินทรีย์ แต่เป็นสารอินทรีย์สังเคราะห์ ซึ่งหากเอาเฉพาะคำว่า อินทรีย์ มาพิจารณาว่าอะไรดีอะไรไม่ดีนั้น จะเห็นว่าเป็นเรื่องไม่ถูกต้อง เพราะสารกำจัดแมลงที่ได้จากพืชบางชนิด ที่มองว่าเป็นสารอินทรีย์ธรรมชาติ ก็เป็นพิษกับคนและสัตว์ได้เช่นเดียวกัน ขณะที่หลงคิดติดว่าปุ๋ยอินทรีย์ต้องดีกว่าปุ๋ยเคมี จนถึงกับไปซื้อหาปุ๋ยอินทรีย์มาในราคาแพงเมื่อเทียบกับปริมาณธาตุอาหารในปุ๋ย ก็จะเป็นเหตุให้เสียค่าใช้จ่ายโดยใช่เหตุ การบำรุงรักษาดูแลดินด้วยปุ๋ยอินทรีย์นั้น หลักสำคัญคือการผลิตปุ๋ยอินทรีย์ใช้เอง และควรได้มีการตรวจสุขภาพดินประจำปีสม่ำเสมอ เพื่อดูว่าปริมาณธาตุอาหารที่ขาดตกบกพร่องไปนั้นมากน้อยแค่ไหน หากไม่มากนักดินก็สามารถรับธาตุอาหารเหล่านั้นเพิ่มเติมได้จากปุ๋ยอินทรีย์ที่ผลิตเองได้อยู่แล้ว แต่หากว่าขาดธาตุอาหารอยู่มากก็ควรเลือกใส่ปุ๋ยเคมีร่วมกับปุ๋ยอินทรีย์ในอัตราที่เหมาะสม จึงจะเป็นทางเลือกที่ดีที่สุด